Besar atau kecil suatu kota didefinisikan atas dasar jumlah penduduk atau luas wilayah administratifnya. Namun pada umumnya Kota Besar didefinisikan berdasarkan jumlah penduduknya, contoh kota terbesardi Indonesia adalah Daerah Khusus Ibukota Jakarta. Sebaliknya dalam mendefinisikan kota kecil umumnya berdasarkan luas wilayahnya.

Jadi dalam mendefinisikan kota terkecil di Indonesia mengacu kepada pengertian kota itu sendiri, dan dalam hal ini ibukota Kabupaten dan kecamatan bukan merupakan "kota" secara administratif, dan berdasarkan luas wilayahnya.

Berikut adalah 10 daftar kota terkecil di indonesia (diurutkan dari yang terluas):

Kota Cirebon
Kota Cirebon adalah sebuah kota di Provinsi Jawa Barat, Indonesia. Kota ini berada di pesisir Laut Jawa, di jalur pantura. Cirebon menjadi pusat regional di wilayah pesisir timur Jawa Barat. Cirebon juga disebut dengan nama 'Kota Udang'. Luas Kota Cirebon adalah 37,36 km2 dengan jumlah penduduk 283.929 jiwa pada tahun 2006.

Kota Pasuruan
Kota Pasuruan, adalah sebuah kota di Provinsi Jawa Timur, Indonesia, berbatasan dengan Selat Madura di sebelah utara, serta Kabupaten Pasuruan di sebelah timur, selatan, dan tengah. Kota Pasuruan terdiri dari tiga kecamatan 34 kelurahan, dengan luas 36,58 km² dan jumlah penduduk 165.992 jiwa.

Kota Madiun
Kota Madiun, adalah sebuah kota di Provinsi Jawa Timur, Indonesia. Kota ini terletak 169 km sebelah Barat Kota Surabaya, atau 114 km sebelah Timur Kota Surakarta. Luas Kota Madiun adalah 33,23 km2 dengan jumlah penduduk 200.188 jiwa pada tahun 2007.

Kota Blitar
Kota Blitar, adalah sebuah kota yang terletak di bagian selatan Provinsi Jawa Timur, Indonesia. Kota ini terletak sekitar 167 km sebelah selatan Kota Surabaya. Kota Blitar terkenal sebagai tempat dimakamkannya presiden pertama Republik Indonesia, Ir. Soekarno. Luas Kota Blitar adalah 32,58 km2 dengan jumlah penduduk 132.106 jiwa.

Kota Yogyakarta
Yogyakarta dikenal sebagai kota pelajar, karena hampir 20% penduduk produktifnya adalah pelaja. Makanan khas kota ini adalah gudeg. Yogyakarta memiliki panorama alam yang indah. Hamparan sawah nan hijau menyelimuti daerah pinggiran dengan Gunung Merapi tampak sebagai latar belakangnya. Pantai-pantai yang masih alami dengan mudah ditemukan di sebelah selatan Jogja. Malioboro, yang merupakan urat nadi Yogyakarta, dibanjiri barang kerajinan dari segenap penjuru.
Luas Kota Yogyakarta adalah 32,5 km2 dengan jumlah penduduk 516.296 jiwa.

Kota Bukittinggi
Kota Bukittinggi adalah salah satu kota di Sumatera Barat, Indonesia. Kota ini memiliki luas wilayah 25,24 km² dan berpenduduk kurang lebih 115.244 jiwa. Bukittinggi dikelilingi tiga gunung berapi yaitu Gunung Singgalang, Gunung Marapi dan Gunung Sago.Kota yang merupakan kota kelahiran Proklamator RI - Bung Hatta ini, adalah sebuah kota budaya di Sumatera Barat dan terkenal dengan Jam Gadang dan kota wisata berhawa sejuk.Bukittinggi merupakan salah satu daerah tujuan utama dalam bidang perdagangan di pulau Sumatera. Pusat perdagangan grosir, pasar wisata cinderamata, dan wisata kuliner.

Kota Padang Panjang
Kota Padang Panjang adalah salah satu kota di Sumatera Barat, Indonesia. Kota ini memiliki luas wilayah 23 km² dan populasi 50.279 jiwa.
Dengan ketinggian lebih dari 700m dpl, kota ini berhawa sejuk dikelilingi gunung Marapi, Singgalang, dan Tandikek.
Salah satu tempat wisata yang banyak dikunjungi adalah "Aia Mancua", yang terletak di Cagar Alam Lembah Anai.

Kota Magelang
Kota Magelang adalah salah satu kota di provinsi Jawa Tengah. Kota ini terletak di tengah-tengah kabupaten Magelang. Kota Magelang memiliki posisi yang strategis, karena berada di jalur utama Semarang-Yogyakarta. Magelang berada 75 km sebelah selatan Semarang, atau 43 km sebelah utara Yogyakarta. Luas kota ini adalah 18,12 km2 dengan jumlah penduduk 127.784 jiwa.

Kota Mojokerto
Kota Mojokerto adalah sebuah kota (dahulu daerah tingkat II berstatus kotamadya) di Jawa Timur, Indonesia. Terletak 50 km barat daya Surabaya, wilayah kota ini dikelilingi oleh Kabupaten Mojokerto. Luas Kota ini adalah 16,465 km2 dengan jumlah penduduk 112.547 jiwa.

Kota Sibolga
Kota Sibolga adalah salah satu kota di Sumatera Utara, Indonesia. Luas Kota ini adalah 34,36 km2 namun yang terdiri dari daratan hanya 10,77 km2 saja, dengan jumlah penduduk 93.207 jiwa. Dengan luas daratan tersebut menempatkan kota ini sebagai kota terkecil di Indonesia.

sumber : data sensus wilayah,per 2008